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ProtScheme

NCBIのProtein Databaseを検索し,タンパク質のドメイン構造図を作成するソフトウエアです.

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以下のようなスキームが1分もかからずに作成できます!

ソフトウエアのダウンロードはこのページの最下部のリンクをクリックしてください.フリーソフトとして公開しています.

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特徴

  1. NCBIのProtein Databaseから得られた情報を元に,タンパク質の図を簡単に作成するためのツール.
  2. アミノ酸の長さを反映した正確な図の作成.
  3. PDFとSVGでエクスポートしてAdobe Illustratorで編集可能.
  4. 図を作成する以外にも,タンパク質構造のイメージを掴みやすいかも?

使い方

  1. 大まかな流れとして,検索画面でNCBIのProtein Databaseを検索し,目的のタンパク質を選択して,Scheme Windowを開くと,自動で図を作成してくれます.
  2. 表示したいドメイン構造を選択し,アミノ酸配列の検索から任意の構造を入力することで,体裁を整えます.
  3. 完成したら,PDFやSVGでエクスポートしてAdobe Illustratorで開けば更なる編集が可能ですし,そのまま使用することも可能です.
  4. 後で編集したい場合は.protsファイルで保存すれば,検索画面のOpen Fileから開くことができます.

使い方(詳細)

以下はスクリーンショットにコメントを記載しているので,画像をクリックして観覧してください.

NCBIのProtein Databaseを検索します.キーワードを入力してから,検索ボタンをクリックします.それ以外の項目は,通常の用途ならばデフォルトの値のままで差し支えありません.

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検索すると結果が表示されるので,目的のタンパク質をクリックして,Windowを開きます.複数のWIndowを開くことも可能です.

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するとタンパク質の構造が表示されます.表示したいドメインのチェックボックスをON/OFFして,体裁を整えます.

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タンパク質の詳細情報を観覧することも可能です.

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ドメインをクリックすると,アミノ酸配列が赤くなります.

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マウスをドラッグすることで範囲の選択が可能です.

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アミノ酸配列のパターン検索もできます."."は任意のアミノ酸として,[]で囲うといずれかのアミノ酸として検索します.例えば,Zinc fingerを検索したい場合,Zinc fingerの保存配列は

Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His

であることが知られていますので,

c...f.....l..h...h

と検索すれば Zinc finger の場所が分かります.

検索結果は赤い四角で表示され,Addボタンで図に保存ができます.従って,自分で定義したドメインも自由に挿入することが可能です.

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検索を削除するにはClearを押します.

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追加した検索結果をクリックすると,該当のアミノ酸配列が赤くなります.

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作成した図は,pdfかsvg形式でエクスポートできます.アプリケーションと同じディレクトリに出力されます.後で開くには,.protsファイルで保存しておく必要があります..protsファイルは検索ウインドウのOpen Fileから読み込むことが可能です.

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名前の由来

Protein -> Prot と,Schemeをくっつけて,ProtScheme(プロトスキーム)です.

作成した図の掲載

ProtSchemeで作成した図を公に掲載する場合は,このページへのリンクとProtSchemeで作成した旨を表示してください.

バグ報告や要望

この記事のコメント欄にお願いします.バグを引き起こす動作など必要と思われる情報を詳しくお願いします.全ての要望を実現することは不可能なので,予めご了承ください.

ダウンロード

現在WindowsとMac OS X用のみバイナリファイルを公開しています.ソースコードは公開していません.

Windows (Windows 7 x64 で動作確認.32bit OSでは動作しません)

  • 1.2.1.msi Latest.
  • 1.2.0.msi
  • 1.1.0.msi
  • 1.0.7.msi
  • 1.0.3.msi

Mac OS X (Mavericks で動作確認.Mountain Lion以下では動作しません.)

  • 1.2.1.app.zip Latest.
  • 1.2.0.app.zip
  • 1.1.0.app.zip
  • 1.0.7.app.zip
  • 1.0.3.app.zip

インストールとバージョンアップ

Windowsの場合,msiファイルをダブルクリックし,インストールを実行してください.

OS Xの場合,zipを解凍するとappファイルとなるので,/Applicationsフォルダに移動してください.なお,1.2.0から "~/.protscheme" というディレクトリを設定保存用に作成するので,バージョンアップ及び再インストールの際はこのディレクトリを削除してください.残したままだと稀にエラーとなることがあります.

更新履歴

現在多忙につき,このソフトウエアはメンテナンスしていません.

1.2.1

  • 2014.7.28
  • 保存やエクスポートでの重度のバグの修正
  • 一括エクスポートの追加
  • その他不具合を修正

1.2.0

  • 2014.7.27
  • logの出力機能 (log.txt),設定の保存機能 (settings.json) の追加
  • ドメイン構造の配色機能の向上
  • 追加ドメインでSite設定の追加(Regionだと四角形,Siteだと三角形で表示)
  • 複数Protsファイルを一括で開けるように改良
  • 保存,エクスポートにショートカットキーを割り当て
  • その他不具合を修正

1.1.0

  • 2014.6.22
  • Windows版でドメイン名がズレるバグを修正

1.0.7

  • 2014.5.1
  • 時々セグフォが発生する問題をとりあえず修正したつもり.

1.0.3

  • 2014.3.28
  • 不具合を修正.

1.0.0

  • 2014.3.27
  • 公開開始.